Durante el siglo XIII los mongoles crearon el más grande de todos los imperios euroasiáticos, que en su momento culminante se extendía desde las fronteras de Polonia hasta el Mar del Este/Mar del Japón y desde los bosques de Siberia hasta el Golfo Pérsico. Como tantos otros imperios de las estepas, se originó en los pastos de Mongolia y el oeste de Manchuria. Los mongoles inicialmente siguieron el esquema de las anteriores confederaciones nómadas como la de los xiongnu, que se habían dedicado a los intercambios de beneficio mutuo con sus vecinos sedentarios, los Han, y controlaban el comercio de las rutas de la seda. A diferencia de los xiongnu, sin embargo, los mongoles conquistarían gran parte de los principales centros sedentarios que producían los bienes con los que se comerciaba de una lado a otro de Eurasia. El resultado tuvo sus pros y contras. Algunas áreas nunca se recuperaron del golpe de la invasión, mientras otras florecieron. Se reclutaron artesanos en masa, conduciendo a la decadencia económica a sus antiguos hogares pero desarrollando los lugares donde fueron forzados a reasentarse. Como el viaje de algunos europeos como Marco Polo a través de Asia atestigua, durante un tiempo se puede hablar de Pax Mongolica en las rutas comerciales, aunque sus beneficios fueron lejos de uniformes.
El Imperio mongol fue creado por Gengis Khan (m. 1227), que recibió el título de “Emperador Universal” cuando unificó las tribus mongolas en 1206. Pasó los siguientes años realizando campañas contra los soberanos Qin (jurchen) del norte de China (Beijing cayó en 1215). En 1219-1220 marchó hacia el oeste, destruyendo el reino de Khwarezm (al sur del Mar de Aral), como respuesta al asesinato de una misión comercial que había enviado. Como en otros ejemplos, podemos ver aquí la importancia del comercio para los mongoles. Sus enterramientos en los siglos XIII y XIV atestiguan el gusto que habían adquirido por los objetos de lujo de los centros urbanos y la fusión cultural, que fue el legado a largo término de la histórica interacción entre nómadas y sedentarios.
Después de la muerte de Gengis, la capital mongol se ubicó en Karakorum sobre el río Orhon en Mongolia, no lejos de donde los nómadas uyghures tuvieron en el siglo IX su capital. Una fascinante descripción de la vida mongol y de sus modestos pero cosmopolitas pueblos puede encontrarse en un relato contemporáneo de la década de 1350 escrito por el monje franciscano Guillermo de Rubruck. Es de particular interés su testimonio en relación a la apertura de los mongoles a las diversas fes, incluyendo el Cristianismo nestoriano.
Hacia 1260 cuando el nieto de Gengis, Qubilai (Khubilai), se convirtió en khan, el imperio se había expandido hasta abarcar gran parte del este de Europa (la región conocida como la “Horda de Oro”) y gran parte de Oriente Medio (el estado Ilkhánida). El área central del imperio estaba gobernada por los descendientes del hijo de Gengis, Chagatai. Qubilai pasaría casi las dos primeras décadas de su reinado sometiendo China, hasta que finalmente lo consiguió en 1271; el periodo de dominio mongol se conoce con el nombre de dinastía Yuan. Intentaría también conquistar sin éxito Japón y todo el Sudeste asiático. Esta focalización de sus esfuerzos hacia Oriente, simbolizada por su traslado de la capital a Beijing en la década de 1260, coincide con la pérdida de los lazos que mantenían unido el imperio. A finales del siglo XIII, sus diversas partes se independizaron y empezaron incluso a competir por el control de las rutas comerciales.
Marco Polo, que tiene una clara inclinación pro-mongol, proporciona una vívida descripción de prosperidad en el reino de Qubilai en las décadas de 1270 y 1280. Una imagen similar es descrita para otras partes del imperio al menos hacia 1330 por otro famoso viajero, el marroquí Ibn Battuta. Describió las florecientes ciudades de la Horda de Oro, cuyo comercio a través del Mar Negro fue controlado por los genoveses. En el mismo periodo, un agente comercial florentino, Pegolotti, proporciona una detallada descripción de los mercados de Constantinopla, que incluso en su declive disfrutaba de las mercancías de toda Asia. Pegolotti informaba "El camino que recorres desde Tana [en el mar de Azov en la desembocadura del río Don] hasta Cathay es perfectamente seguro, tanto de día como de noche, según lo que los mercaderes dicen haber experimentado.” La presencia en China de italianos, tanto mercaderes como misioneros, en este periodo está bien documentada.
Hacia 1330, el estado Ilkhánida se desintegró y los Chagatayids quedaron sumidos en el desorden. La dinastía Yuan en China se derrumbó en 1368, y el último de los estados mongoles, la Horda de Oro, fue en gran parte destruido por el siguiente creador de un gran imperio en Asia Interior, Tamerlán. Sin embargo durante algo más de un siglo, los mongoles habían presidido sobre lo que probablemente fue el momento culminante del comercio terrestre por la Ruta de la Seda.
